一、微卫星荧光标记基因组扫描（论文文献综述）
党婉怡[1]（2019）在《驴微卫星13重PCR体系的构建与应用》文中提出微卫星是分析种群遗传多样性、鉴别亲子关系最主要的DNA分子标记。驴的品种种类繁多,利用微卫星研究驴群的遗传多样性、确定子代与父本间的亲缘关系,可以帮助我们对其进行遗传资源保护或人工选育。在以往的研究中,人们利用马的微卫星荧光多重PCR体系研究驴的群体结构或鉴定驴的亲缘关系,由于用于鉴定的微卫星位点不合适、引物特异性差以及扩增效率低,常存在基因分型困难的问题。2017年,国际动物遗传学协会（ISAG）推荐13个双核苷酸微卫星位点（AHT4、ASB23、HMS2、HMS3、HMS6、HMS7、HMS18、HTG7、HTG10、TKY297、TKY312、TKY337和TKY343）,用于驴的个体识别和亲子鉴定研究。到目前为止,还没有研究构建出一组包含这13个核心位点的多重PCR体系。本研究通过重新设计部分微卫星位点的引物、反复试验优化多重PCR的反应体系和反应条件,构建一组驴的微卫星13重PCR体系,包含ISAG推荐的13个微卫星位点。（1）本研究使用低成本的扩增酶可以高效地在一个PCR反应中扩增全部的微卫星位点,优化后的PCR反应体系缩减为15μL、PCR反应时间缩短为73 min。荧光标记引物的应用使扩增产物的测序变得快速、简单。（2）本研究检测了该多重PCR体系的灵敏度,仅使用5 ng的驴样本DNA为模板,便可获得完整准确的基因分型图谱。（3）通过检测该多重PCR体系的物种特异性,发现以13个物种的基因组DNA为模板无法得到完整的基因分型图谱。（4）本研究提供了首个驴的等位基因分型表和Stutter分析结果,有助于研究人员揭示准确的基因型。（5）以150头驴为样本,计算群体统计学参数,分析发现多数位点的杂合度与多态信息含量很高,该多重PCR体系的CPEtrio可达到0.999665018,表明该多重PCR体系具有研究驴的遗传多样性及鉴定亲子关系的能力。试验结果表明,本研究开发的微卫星13重PCR体系,是一种快速、高效、灵敏度高、物种特异性好、准确可靠的检测手段,适用于驴的群体遗传分析、个体识别以及亲子鉴定,同时具有法医应用潜力。
于磊[2]（2017）在《日本鳗鲡（Anguilla japonica）群体遗传结构及本地适应性机制研究初探》文中指出探究生物不同地理群体的遗传结构,不仅可以加深对生物多样性的认识,也是合理有效管理生物资源的基础。目前对于日本鳗鲡（Anguilla japonica）群体遗传结构的研究大多基于中性遗传标记,本研究采用与基因相关的微卫星标记和基于全基因组扫描筛选的离散SNP标记开展研究,从新的角度解析日本鳗鲡的群体遗传结构。除了群体遗传结构的解析,适应性进化也是近几十年来进化生态学研究的热点。本地适应性是指本地群体的某些特征,使其相较于外来群体可更好地适应本地环境。一直以来都普遍认为,适应性进化是一个缓慢的过程,需要经过很长时间的积累,因此它可能不会对当前的生态过程造成影响。然而近年来发现,适应性进化可以发生在几个世代的时间尺度内。鳗鲡属鱼类随机交配的特征使它们成为研究微时间尺度上本地适应性问题理想的材料。欧洲鳗鲡（Anguilla anguilla）、美洲鳗鲡（Anguilla rostrata）的研究均已证明,尽管鳗鲡是随机交配物种,依然可以检测到其对本地环境适应的遗传学信号。对日本鳗鲡的本地适应性进行研究,将加深对于单一世代时间尺度内适应性进化的认识,也有助于深入理解全球气候变化对海洋鱼类的影响。从二十世纪八十年代开始,日本鳗鲡的种群衰退不断加剧。玻璃鳗（Glass eel）、黄鳗（Yellow eel）,以及银鳗（Silver eel）的野生群体资源量均出现了严重衰退。在2016年公布的IUCN濒危物种红色名录中,日本鳗鲡已经被列为“濒危”。目前对于日本鳗鲡种群资源的保护已经迫在眉睫。解析日本鳗鲡的群体遗传结构将为其种群资源的管理和保护提供科学依据,而阐明日本鳗鲡对本地环境的适应机制有助于深入理解日本鳗鲡种群衰退的机制。本研究的主要研究内容和结果如下:1.开发与基因相关的微卫星标记我们开发了日本鳗鲡种群中与基因相关的微卫星标记。结果,总共有24个位点具有多态性,且它们在所有的地理群体都呈现出多态性。在这24个位点中,有18个是根据欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡中受自然选择作用的基因开发,另外6个来自于随机挑选的转录本序列。每个位点的平均等位基因数为4.846到29.231。每个群体的平均观测杂合度为0.675到0.716,平均期望杂合度为0.746到0.769。经过Bonferroni校正（α=0.05,K=13）,群体和位点的312个组合中有29个显着偏离哈温平衡。而在连锁不平衡检验中,经过Bonferroni校正（α=0.05,K=276）所有的位点间均不存在连锁不平衡。在无效等位基因的检验中,有8个位点在大于3个群体（未在所有群体）中表现出无效等位基因的特征。2.开发SNP标记选取两个群体各12尾玻璃鳗幼体进行酶切位点相关DNA测序（Restriction site-associated DNA sequencing,RAD-Seq）。将过滤后的序列根据个体特异的标签序列进行归类。使用BWA version 0.5.9将序列比对到日本鳗鲡的基因组草图上,使用SAMTOOLS检测到73,557个SNP。使用ARLEQUIN 3.5筛选可能受到自然选择作用的位点,共检测到250个离散SNP标记,在这其中有85个SNP标记可以成功进行功能注释。使用KASPar（KBiosciences Competitive AlleleSpecific PCR genotyping system）技术对来自12个地理群体的373个样品在96个离散SNP位点（85个可以进行功能注释的离散SNP位点+随机挑选的另外11个未能进行功能注释的离散SNP位点）上进行基因分型。3.基于与基因相关的微卫星标记探究日本鳗鲡的群体遗传结构基于所有群体计算的FST值为-0.001,且不显着（95%CI:-0.002<FST<0.000）,这表明不同地理群体间并不存在显着的遗传分化。所有的两两群体间FST值经过FDR校正（α=0.05,K=78）后均不显着。STRUCTURE分析的最优K值为5。然而,在K=5时,所有的群体呈现出类似的遗传组成,这也暗示不同地理群体间并不存在遗传结构。Mantel test的结果表明,13个地理群体间并不存在距离隔离模式（R2=4.634e-03,P=0.6233）。所有的结果均支持日本鳗鲡是随机交配物种。4.基于SNP标记探究日本鳗鲡的本地适应性基于SNP标记,在12个地理群体的两两比较中,出现了部分显着的FST值,表明这12个地理群体间存在一定程度的适应性分化。基于SNP位点的STRUCTURE结果表明,中国台湾群体（MA、MY）和日本群体（MJ）的遗传组成类似,而中国大陆各群体之间的遗传组成类似。该结果也得到了DAPC结果的验证。基于BAYENV2和SAMBADA两种软件筛选到受自然选择的位点相同,即AVPY013614421313和AVPY01251147815。AVPY013614421313位点与SMC6基因相关,而AVPY01251147815位点与taar13c基因相关。SMC6基因可能参与了玻璃鳗幼体对剧烈环境扰动的适应,通过DNA修复维持自身染色体的稳定。而taar13c基因很可能介导了日本鳗鲡对尸胺等二元胺的行为反应;然而,若想彻底阐明taar13c基因参与何种行为反应,尚需要开展玻璃鳗幼体对气味的行为学研究。本研究验证了日本鳗鲡随机交配的假说,并检测到了其发生本地适应性的信号。基于离散SNP标记,发现了岛源群体（采自岛屿河口的群体）和陆源群体（采自大陆河口的群体）适应性分化的信号。研究结果可以为日本鳗鲡种群资源的保护和管理提供基础资料。
罗明,白志毅,李应森,李家乐[3]（2012）在《三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析》文中指出采用磁珠富集法,以生物素标记的（CA）10寡核苷酸为探针,构建了三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）基因组微卫星富集文库。根据微卫星位点的侧翼序列设计引物,随机挑选扩增出与预期大小相符的32对引物,引物荧光标记后对24个三角帆蚌个体分别进行PCR扩增,共筛选出20对多态性较好的引物。结果表明,20个微卫星位点的等位基因数为5～20,有效等位基因数2.321 3～13.260 3。观察杂合度和期望杂合度分别为0.318 2～1.000 0和0.582 5～0.946 1;PIC值0.547 2～0.919 9;其中14个位点符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。本研究筛选的20个微卫星标记可作为三角帆蚌遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。
王俊岭[4]（2011）在《遗传性小脑型共济失调基因诊断平台的建立及新的致病基因的定位与克隆》文中认为第一部分中国汉族人群遗传性共济失调基因诊断平台的建立第一章常染色体显性遗传和散发脊髓小脑型共济失调基因诊断平台的建立研究发现不同的种族、国家和地区,常染色体显性遗传脊髓小脑型共济失调（Spinocerebellar ataxia,SCA）不同亚型的发病率及各亚型病理和正常的核苷酸重复次数都有明显的差异,为了建立SCA致病基因的诊断平台,了解中国汉族人群SCA各亚型的分布频率特点及中国汉族人群各亚型病理和正常重复次数范围分布特点,制定一套SCA基因诊断流程,我们应用聚合酶链反应、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Southern Blot等技术对来自中国汉族人群667例临床诊断为SCA的患者（430例AD遗传家系先证者,237例散发患者）进行了SCA1、SCA2、SCA3/MJD、SCA6、SCA7、SCA8、SCA10、SCA12、SCA17及DRPLA各亚型致病基因多核苷酸重复突变检测；对排除以上SCA亚型的患者应用聚合酶链反应（PCR）、变性高效液相色谱（DHPLC）、多重连接探针扩增（MLPA）结合直接测序等技术进行SCA11、SCA13、SCA14、SCA27、SCA28和SCA31亚型致病基因TTBK2、KCNC3、PRKCG、FGF14、AFG3L2和PLEKHG4点突变和SCA5、SCA11、SCA15致病基因SPTBN2、TTBK2、ITPR1大片段的插入缺失突变检测。应用T载体克隆重组DNA技术结合直接测序,对部分患者进行CAG三核苷酸病理重复次数测序分析；并应用荧光聚合酶链反应、毛细管凝胶电泳对300名中国汉族健康对照人群进行了上述SCA型三核苷酸或多核苷酸重复次数的正常范围检测和分析。结果在430例AD-SCA家系先证者中,共检测出SCA1家系25个（5.81%）, SCA2家系27个（6.28%）, SCA3家系267个（62.09%）, SCA6家系8个（1.86%）, SCA7家系8个（1.86%）,SCA12家系1个（0.23%）和SCA17家系1个（0.23%）,未明确基因分型SCA家系93个（21.63%）；在237例散发患者中共检测出SCA1患者6例（2.53%）, SCA2患者9例（3.80%）, SCA3患者23例（9.70%）, SCA6患者3例（1.27%）,未明确分型SCA患者196例（82.70%）；未检测出SCA8、SCA10和DRPLA亚型致病基因多核苷酸异常重复突变,SCA5、SCA11、SCA13、SCA14、SCA15/ SCA16、SCA27、SCA28和SCA31亚型传统形式的点突变及大片段的插入缺失突变。对23例SCA1患者,32例SCA2患者,305例SCA3/MJD患者,9例SCA6患者,27例SCA7患者,3例SCA12患者和2例SCA17患者进行CAG三核苷酸异常重复次数范围检测发现其范围分别是SCA1亚型39-60（平均51.09±4.88）次,SCA2型36-51（平均40.34±4.40）次,SCA3/MJD亚型49-86（,平均73.84±5.07）次,SCA6亚型23-29（平均25.56±1.94）次, SCA7亚型38-71（平均58.22±10.90）次,SCA12亚型51-52（平均51.33±0.58）次,SCA17亚型53-55（平均54.00±1.41）次；SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA8、SCA10、SCA12、SCA17和DRPLA共10种SCA亚型致病基因正常三核苷酸或多核苷重复次数范围结果,SCA1亚型为17～35次,SCA2亚型为14～28次,SCA3/MJD亚型为13～41次,SCA6亚型为4～16次,SCA7亚型为5～17次,SCA12亚型为5～21次,SCA17亚型为23～41次,DRPLA亚型为12～33次,SCA8亚型中CTA/CTG三核苷酸的重复次数为12-43次,SCA10亚型中ATTCT五核苷酸的重复次数为9～32次。根据以上结果我们发现在中国汉族人群中SCA3/MJD为最常见的SCA亚型,其次为SCA2、SCA1、SCA7和SCA6, SCA12和SCA17比较少见,SCA8、SCA10和DRPLA罕见,其中SCA17亚型为国内首次报道。建立中国汉族人群不同SCA亚型CAG三核苷酸病理重复次数范围标准和中国汉族人群不同SCA亚型正常核苷酸重复次数范围,可为SCA的诊断提供参考标准。初步建立了SCA基因诊断平台,制定了SCA基因诊断流程。第二章常染色体隐性共济失调基因诊断平台的建立常染色体隐性遗传小脑性共济失调（autosomal recessive cerebellar ataxia, ARCA）是一大类比较罕见的、具有明显临床和遗传异质性的神经系统退行性疾病,为了建立中国汉族人群ARCA致病基因的诊断平台,了解中国汉族人群ARCA各亚型的分布频率,制定一套ARCA基因诊断流程,我们采用PCR结合DNA直接测序法对来自中国汉族人群36例临床诊断为常染色体隐性遗传先证者和60例发病年龄<20岁的散发SCA患者进行了发病率相对较高的弗里德赖希共济失调（FRDA）,伴选择性维生素E缺乏的共济失调（AVED）,伴动眼不能的共济失调1型（AOA1）,伴动眼不能的共济失调2（AOA2）型等共四种亚型进行致病基因FXN、ATTP、APTX和SETX的相关检测分析。常规PCR难以对基因比较大外显子比较多的ARCA亚型完成突变检测,如毛细管扩张共济失调（AT）,痉挛性共济失调（SACS）,我们利用全基因外显子组捕获结合高通量测序技术（Exome测序）对其进行全基因外显子组测序分析。结果未发现FXN、ATTP、APTX和SETX基因致病突变,全基因外显子组测序发现一个AT患者ATM基因（c.5293 C-T）和（c.1402-1403delAA）复合杂合突变；一个SACS家系SACS基因（c.5399 G-C）和（C.788delA）复合杂合突变。S anger测序证实了该复合杂合突变的正确性,并且两个复合杂合突变在AT家系和SACS家系内分别和疾病表型共分离。本研究证实中国汉族人群ARCA家系中FRDA、AVED、AOA1和AOA2非常罕见,初步建立了ARCA基因诊断平台,制定了ARCA的基因诊断流程,以及应用Exome测序进行ARCA基因诊断的技术平台。第二部分一个常染色体显性遗传SCA家系致病基因的定位与克隆第一章一个新的常染色体显性遗传SCA家系致病基因的定位遗传性脊髓小脑型共济失调（spinocerebellar ataxia, SCA）是一类包括多种亚型在内的具有明显临床和遗传异质性的进行性神经系统退行性疾病,目前已经定位了近28个基因位点,其中22种SCA亚型致病基因已被克隆。前期工作我们收集到一个来自中国汉族的SCA家系,呈四代遗传,患者表现缓慢进展的晚发型小脑性共济失调,部分患者伴有明显的痉挛性斜颈。前期工作已经排除了已知的SCA1、SCA2、SCA3/MJD、SCA6、SCA7、SCA8、SCA10、SCA12、SCA17和DRPLA亚型致病基因三核苷酸及多核苷酸异常重复突变检测,SCA11、SCA13、SCA14、SCA27、SCA28和SCA31亚型致病基因TTBK2、KCNC3、PRKCG、FGF14、AFG3L2和PLEKHG4点突变,SCA5、SCA11、SCA15致病基因SPTBN2、TTBK2、ITPR1大片段的插入缺失突变检测和目前已定位各SCA亚型位点的连锁分析排除定位检测。通过采用HumanLinkage-12 Panels连锁分析芯片技术,对该AD-SCA家系SNP位点进行扫描,结果在第20号染色体的两个SNP rs12624577和rs674630之间,相当于20p13-12.2的区域,取得连续分布正LOD值。其中,在rs976192取得最大两点LOD值3.85,对上面区间应用微卫星遗传标记进行精细定位分析,在20号染色体上微卫星遗传标记D20S437处取得最大两点LOD值5.36,依据这两个重要的重组交换事件的发生,该家系的候选致病基因定位于D20S199和D20S917之间的区域,家系内所有临床诊断明确的患者均携带相同的单体型。该定位区间（20p13-12.2）遗传距离为18.45 cM,相当于物理距离约有8.4 Mb,区间内包含有91个候选致病基因。第二章应用Exome测序克隆一新的常染色体显性遗传脊髓小脑型共济失调致病基因-TGM6单基因病致病基因的克隆常采用传统的候选基因定位克隆技术,然而传统的定位克隆技术常常会因为家系内成员太少、基因位点的异质性、外显不全及定位区间内候选克隆基因太多等而受到限制。全基因外显子组捕获结合高通量测序一次可获得全部外显子的信息,从根本上解决了传统克隆致病基因的难题。我们联合应用连锁分析结果和Exome测序的方法去克隆一新的SCA致病基因。首先从一个呈四代遗传的SCA家系（CS）中选取4位患者进行了Exome测序,经数据分析在TGM6基因10号外显子上面发现一个错义突变c.1550T-G（L517W）,该突变在家系内和疾病表型共分离,并且在500个正常对照测序分析没有发现该突变位点。信息学分析发现该错义突变在进化过程中处于高度保守区域,功能预测该突变对蛋白质的功能有明显的影响。应用连锁分析的结果,TGM6基因c.1550T-G（L517W）改变正好位于之前该家系全基因组连锁分析定位的区间（20p13-12.2）内,Exome测序和全基因组连锁定位分析的结果互相验证了TGM6基因为该家系致病基因的正确性。我们又在另外一个SCA家系（LY）发现了TGM6基因7号外显子的另外一个位点c.980A-G transition（D327G）突变,该突变LY家系内同样和疾病表型共分离,在500个正常对照测序分析没有发现该位点突变。该新的突变进一步证实了我们克隆的新的致病基因的正确性。新的致病基因TGM6的克隆说明在单基因遗传疾病中在一个家系内对部分患者进行Exome测序从而寻找致病基因是一种有效的策略,如果利用Exome测序技术和传统的定位克隆研究方法相结合,可能成为进行人类单基因遗传疾病克隆的一个更高效的新途径。第三部分应用Exome测序克隆两个新的常染色体隐性遗传共济失调致病基因--JXX和TYY在遗传性共济失调中,常染色体隐性小脑性共济失调（Autosomal recessive cerebellar ataxias, ARCA）是一大组比较罕见的具有明显临床和遗传异质性的神经系统退行性疾病,病变主要累及小脑、脊髓小脑束或/和脊髓感觉束。ARCA临床表型复杂可累及中枢神经系统、周围神经系统,部分病例可累及除神经系统之外的其它系统和器官。ARCA还包括一大批罕见的类型,根据分子发病机制、病理、自然病史和病变部位,目前ARCA中至少已划分了100多种不同的类型,其中70多个相关的致病基因已被克隆。多数的ARCA家系,因为家系成员少使得应用传统的候选基因定位克隆方法去克隆致病基因比较困难。我们应用Exome测序技术对两个ARCA家系（JX家系和TY家系）进行了全基因组外显子的捕获和测序分析,作为常染色体隐性遗传模式,我们在测序结果里主要分析纯和突变和复合杂合突变。结果我们在JX家系内发现了一个JXX基因（c.493C-T）的纯和突变,在TY家系内发现TYY基因（c.568C-T）和（c.760A-G）两突变位点的复合杂合突变,信息分析发现JXX基因（c.493C-T）和TYY基因（c.568C-T）与（c.760A-G）三个突变位点均位于高度保守区域,并且分别在JX家系和TY家系内与疾病表型共分离。500个正常对照测序分析没有发现以上三个突变位点的改变,排除了罕见多态的可能。我们又在另外一个ARCA家系（JX-NX）发现了JXX基因另外两个位点（c.389A-T和c.441G-T）的复合杂合突变,该复合杂合突变在JX-NX家系内和疾病表型共分离,在500个正常对照测序分析没有发现该两个突变位点。该新的复合杂合突变进一步证实了我们克隆的新的致病基因的正确性。新的ARCA致病基因JXX和TYY的克隆证实了在一些少见的孟德尔单基因疾病致病基因的克隆中全基因外显子组测序是一个方面而又高效的策略。
叶茂,申望,王日昕,郑兆祥,石戈[5]（2011）在《日本蟳（Charybdis japonica）微卫星位点的分离及遗传多样性分析》文中指出采用磁珠富集法,以生物素标记的（CA）12寡核苷酸为探针,构建了日本蟳基因组微卫星富集文库。通过PCR法从文库中共筛选出89个微卫星位点,其中完全型（perfect）共75个,占84.27%;不完全型（imperfect）12个,占13.48%;复合型（compound）2个,占2.25%。根据微卫星位点的侧翼序列,设计筛选出9对具有稳定多态性的微卫星引物,引物荧光标记后对日本蟳舟山群体进行遗传多样性分析。结果表明,9个微卫星位点的等位基因数为12—25;观察杂合度和期望杂合度分别为0.5806—0.9032和0.8383—0.9449;9个微卫星位点的PIC值为0.8092—0.9259。本研究筛选的9个微卫星位点可作为日本蟳遗传多样性、种群遗传结构等研究的理想分子标记。
袁媛[6]（2010）在《两种单基因遗传病的致病基因定位及产前诊断》文中认为背景单基因遗传病是指单一（对）基因的突变引起的疾病,其传递方式符合孟德尔法则,故也称为孟德尔式遗传病。根据突变基因所在的位点和性状的不同,而区分为下列不同类型：常染色体显性遗传病,常染色体隐性遗传病和性连锁遗传病。目前已知的有6600多种,并且每年在以10-50种的速度递增,单基因遗传病已经对人类健康构成了较大的威胁。原发性视网膜色素变性和脊髓小脑性共济失调就是致病机制尚未完全明确的两种单基因遗传病。原发性视网膜色素变性是由于视网膜感光细胞和色素上皮细胞变性导致夜盲和视野缺损最终致盲,在世界各国都有较高的发病率,以常染色体隐性遗传最多,显性次之,性连锁隐性遗传最小。脊髓小脑性共济失调是是一组以共济失调为主的常染色体显性遗传性神经系统变性病,病变部位主要在脊髓、小脑和脑干,是累及人类神经系统的主要遗传病之一。目前,两种单基因遗传病尚无特效治疗方法,且在临床表现和遗传上都具有高度异质性。为了真正使其得到较好的预防和控制,了解其分子遗传学基础和产前诊断显得尤为重要。目的对一个常染色体显性视网膜色素变性家系（H11）和一个脊髓小脑性共济失调家系（Yang-1018）进行了临床特点分析和分子遗传学研究,寻找致病基因,为疾病的基因诊断和产前诊断做基础。方法H11家系：对该家系全面病史回顾调查和临床确诊,通过连锁分析已知致病区域和直接突变筛查；排除了所有已知基因后,用SLINK软件模拟分析了这个具有12个成员,7个患者的小家系,并采用密度为10厘摩的382个微卫星遗传标记进行全基因组连锁分析,得出最大两点和多点优势对数值（logarithm of the likelihood ratio, LOD值）后构建家系单倍型,确定致病区域并对该区域的候选基因进行测序分析。Yang-1018家系：分析该家系的临床特征,对已知致病基因突变进行直接突变筛查,对已知致病区域进行连锁分析,确定该家系的基因型。结果H11家系：临床分析结果显示：该家系的临床表现的特点是早发性夜盲,进行性外周视野缺损、典型眼底改变及合并白内障。全基因组连锁分析的结果显示：在微卫星遗传标记D1S2739, D1S457, D1S187, D1S189和D1S305处获得最大两点LOD值2.54,在微卫星遗传标记D1S187处获得最大多点LOD值2.54,这些位点的LOD值在全基因组382个微卫星位点的LOD值中最接近SLINK软件模拟最大值。单倍型构建进一步发现,该家系的致病区域在1号染色体1p22.1-q12,此区域跨越38.25厘摩（约50Mb）。对该区域的5个候选基因ABCA4,COL11A1, GNAT2, PRPF38B和TAF13进行突变筛查后并未发现致病突变。Yang-1018家系：临床分析结果显示,该家系患者均具有走路不稳（宽基步态）共济失调的共同表现和各自不同的临床特点。所有已知致病基因类型和致病位点均被排除。让人感兴趣的是：在家系中,患者Ⅲ-13在PLEKHG4基因中,有一个新的5’端非编码区-2T>C的碱基转换；患者Ⅱ-5在SPTBN2基因的1,2号外显子之间的内含子,有一个新的IVS2C＞T的碱基转换,Genbank登录号分别为FJ905766和FJ811850。结论H11家系：虽然分子遗传分析后发现致病区域1p22.1-q12与ABCA4和RP32有部分重叠,但是ABCA4基因突变筛查并未发现突变,且H11家系的遗传模式为常染色体显性遗传,不同于ABCA4和RP32基因型的常染色体隐性遗传模式,因此,H11家系的致病突变基因很有可能不同于ABCA4和RP32型,而是一种新的常染色体显性基因型。这些结果进一步确定了常染色体显性视网膜色素变性这种单基因病的高度遗传异质性。Yang-1018家系：由于发现的两个突变在家系患者中并不普遍存在,而且突变发生在非编码区,因此,这两个突变不是该家系的致病原因。但这两个突变有可能加重患者的病情。对所有已知致病基因和已知致病位点排除后发现,该家系不能定义为SCA1-30中的任意一种基因型,其有可能是一种新的基因型。其新的致病位点有待全基因组扫描分析结果的完成。
潘菲[7]（2008）在《应用荧光标记多重PCR对散发性结直肠癌进行微卫星不稳定性检测》文中进行了进一步梳理结直肠癌是严重危害人类健康的常见恶性肿瘤之一。结直肠癌（Colorectalcarcinoma,CRC）从发生机制上可分为两种不同的类型:染色体不稳定和微卫星不稳定（microsatellite instability,MSI）。MSI肿瘤的发生原因是DNA错配修复（mismatch repair,MMR）功能障碍,在复制重复DNA序列时常出现错配修复失败。显然在DNA错配修复缺陷的结直肠肿瘤中,微卫星改变是一个重要的分子表型特征。MSI最初在家族性非息肉性结直肠癌（HNPCC）肿瘤中得到确定,其原因是错配修复基因的突变。典型的HNPCC患者90%以上为MSI瘤。也有15%左右的散发性结直肠癌存在微卫星不稳定。微卫星是重复单位为1-6bp的重复序列,数十万个微卫星位点遍及整个基因组。微卫星是遗传学图谱制作、法医个体鉴定、移植相容性检测等的重要标记。MSI是指由于缺失或插入重复单位引起肿瘤DNA与同一个体的正常胚系DNA相比微卫星长度发生改变,即产生异常长度的等位基因。MSI作为MMR缺陷的指标,是由复制错误引起,相对于胚系长度而言微卫星片段长度发生了缩短或延长。MSI的HNPCC发生的主要原因是生殖细胞的MMR基因突变。hMLH1,hMSH2,hMSH6和hPMS2等任何一个或几个MMR基因的失活都能导致MSI发生。散发结直肠癌病人多数仅有MMR基因体细胞突变。现在认为MSI的发生除了生殖细胞MMR基因的突变途径以外,还与启动子甲基化引起hMLH1表达缺失有关。在散发性结直肠癌中hMLH1启动子甲基化是MSI的重要机制。但在散发性结直肠癌中MSI的发生机制还未被完全阐明,相关的基因、路径等也可能与HNPCC不同。由于HNPCC和散发性结直肠癌的MSI发生机制上的差异,两者的临床意义也不同。MSI表型可分为两类:高频微卫星不稳定（MSI-high,MSI-H）和低频微卫星不稳定（MSI-low,MSI-L）。在散发性结直肠癌或在HNPCC中都能出现MSI-H。MSI-H的散发性结直肠癌大多数与表遗传学因素引起的MMR基因MLH1失活有关。与MSI-H肿瘤不同,MSI-L肿瘤与微卫星稳定（microsatellite stability,MSS）肿瘤相似,也通常是经染色体不稳定途径发生的。因此提示MSI-L肿瘤与MSS肿瘤只是在微卫星改变数量上不同,但没有本质上的差异。将来研究的一个方向是在非MSI-H肿瘤中评价特异性突变,力图寻找并识别MSI-L肿瘤和MSS肿瘤的细微差异。MSI状态可用于预测预后和指导治疗方案制定。抑癌基因失活引起的杂合性丢失（the loss of heterozygosity,LOH）是CRC发生的另一个重要过程。缺失突变或染色体丢失都可引起某一位点丢失一个等位基因而发生LOH。LOH作为另一个常见的微卫星改变的表型,在CRC发生中具有重要意义,分析LOH是一种发现候选抑癌基因的有效途径。为了识别CRC典型的遗传改变和寻找有用的标记物,我们对2007-2008年间的63例散发性结直肠癌与配对的正常粘膜上皮样本进行了研究。通过评价CRC患者的MSI频率和LOH情况,研究它们在散发性结直肠癌中的作用。文献报道采用不同类型和不同数量的标记检测同一种肿瘤,得到的微卫星频率结果可截然不同,这很可能与所选标记及检测方法的敏感度差异有关。为了使微卫星分析标准化,1997年美国国家癌症学会会议推荐了5个微卫星标记用于检测MSI,以及根据检测结果制定MSI分级指导方案。我们用多重荧光PCR结合ABI 3130遗传分析仪进行毛细管电泳（capillary electrophoresis,CE）,检测并分析所推荐的5个微卫星位点:BAT25,BAT26,D2S123,D5S346和D17S250。我们检测了63例肿瘤的MSI情况并研究MSI和MSS病人的部分临床病理指标。2/5及以上的位点出现不稳定判为MSI-H。所有位点都稳定的为MSS。在这个研究中我们还分析了散发性结直肠癌5个位点的LOH情况。我们建立并优化了一套通过检测若干位点MSI情况的临床分子诊断方法。正常胚系和肿瘤样本经多重PCR扩增,PCR产物在毛细管电泳过程中依据大小不同被区分开,并识别肿瘤组织中长度异常的等位基因。这种基于多重PCR模式的检测方法优于以往的聚丙烯酰胺凝胶电泳、放射自显影等。CE是一种先进的荧光标记PCR扩增产物分析工具。这种方法最初用于法医鉴定,然而现在由于它敏感和相对快速的优点在临床检验工作中被日益重视。但由于多重荧光PCR-CE是一项精度要求相对较高的检测技术,因此实验操作中不少细节是影响检测成败的关键因素,并可能引起微卫星数据分析的错误解释。在研究过程中我们分析并找到了这些常见问题的解决方法,对该技术进行相应的优化。同时我们改良了从福尔马林固定组织中抽提DNA的方法,用于已知临床诊断的档案样本的MSI分析。而较久一些的样本因为结合临床跟踪随访而具有更高的价值。我们用这个方法抽提的DNA能用于多种分子研究,包括PCR反应、片段分析和直接测序等。由于DNA化学修饰以及随着时间的迁移而发生持续的降解等原因,从福尔马林固定组织中抽提质量高的DNA是比较困难的。福尔马林固定液加入组织后能使脂质分离、蛋白质变性以及细胞膜、染色体和DNA的脆性度大大增加。我们将改良法和常规酚-氯仿-异戊醇法抽提的DNA的浓度和质量进行了比较。改良方法抽提DNA在数量上与常规法相似,但在DNA的质量和抽提成功率上明显优于常规法。用琼脂糖凝胶电泳检验改良法抽提的DNA质量,得到的DNA片段大小都在500bp以上,大部分在1000bp以上。用5个MSI敏感标记分析散发性结直肠癌的MSI及LOH情况时,我们得到MSI总的检出率为34.92%（22/63）,其中MSI-H 16例（25.4%）,MSI-L 6例（9.52%）,MSS 41例（65.08%）。这些结果显示MSI在散发性结直肠癌中可能是常见的事件。微卫星各位点突变率分别是D5S346（14.29%）,BAT26（9.52%）,BAT25（22.22%）,D17S250（23.81%）,D2S123（25.4%）。MSI肿瘤在所研究的临床病理指标上与MSS肿瘤无差异（P＞0.05）。此外,LOH总检出率为9.52%（6/63）。有2.44%（1/41）的MSS病例同时伴有其他位点LOH;22.73%（5/22）的MSI病例同时伴有其他位点的LOH。MSI结直肠癌与MSS结直肠癌相比具有更高的LOH发生率,存在显着的统计学差异（P=0.008）。另外,18.75%（3/16）的MSI-H伴有LOH;33.33%（2/6）的MSI-L伴有LOH,两者无统计学差异。综上所述,多重荧光PCR-CE检测方法在MSI研究中具有相对对PCR产物的低要求（高敏感性）;高精确性（精确到1bp以下）、自动化及其相对高通量,便于分析、储存和管理MSI数据等优势而可能成为一种MSI分析的常规工具。经过对DNA抽提方法、多重PCR扩增方法的优化后利用毛细管电泳技术进行基因组扫描,也可成功分析福尔马林固定样本的微卫星情况,为今后大样本分析奠定基础。MSI是结直肠癌多步骤发生过程中的常见的分子事件,对结直肠癌的发生和发展可能具有重要作用。
金丽威,鲁智勇,陈小英,袁文涛,牛振民,郑捷[8]（2008）在《1q31-32存在新的银屑病易感基因》文中指出目的:确定染色体1q是否存在中国汉族寻常型银屑病易感基因位点。方法:用覆盖染色体1q的12个微卫星标记,对36个寻常型银屑病家系共190个个体（包括92例患者与98例正常亲属）进行基因组扫描研究,并用LINKAGE、ETDT及GENEHUNTER软件进行统计处理。结果:①LINKAGE分析示D1S2891的LOD值为1.0750（θ=0.2）,支持连锁;②GENEHUNTER示D1S249、D1S2772和D1S2891的NPL值均大于1.6,相应P<0.05;③ETDT示D1S249 170bp等位基因和D1S413 258bp等位基因分别优先传递给正常子代。结论:中国汉族人1q31-32区存在银屑病易感基因。
蔡绍倩[9]（2008）在《猪10号染色体上部分免疫性状QTLs扫描》文中研究指明本试验以7头大白公猪、33头大白母猪;5头长白公猪、15头长白母猪、4头松黑猪公猪和15头松黑母猪为基础群组建的混合家系,选择子代个体366头。35日龄采血,测定并记录血液常规18项指标;选取13个微卫星位点进行PCR扩增,判定基因型:用最小二乘线性模型对免疫性状进行QTL区间定位,利用置换法（permutation）确定显着性阈值。研究结果如下:1.13个标记在群体中绝大多数的微卫星属于中度多态的遗传标记。所有微卫星标记在三个品种中的平均等位基因数为3.1754,平均杂合度为0.5215,平均多态信息含量为0.5999,平均香农指数为1.3222。从分子标记的信息量上看,可以满足连锁图谱构建和QTL定位的要求。2.用CRIMAP软件进行资源家系群体10号染色体遗传连锁图谱的构建,染色体长度为314.2cM。与USDA-MARC图谱相比图谱较长,主要是标记间的间距变大,标记的排列顺序与USDA-MARC图谱尚有一定差距。3.达到了染色体极显着水平的4个QTL（p＜0.01）,分别影响着红细胞压积（HCT）、血红蛋白计数（HGB）、平均红细胞血红蛋白量（MCH）和红细胞分布宽度（RDW）。影响平均红细胞体积（MCV）的QTL达到染色体显着水平（p＜0.05）。定位的QTL依次集中在97cM-98cM和127cM-128cM区域,临近的标记分别为:PIP5K2、SW951、SY30和SW2067。各种性状的QTL位置具有一定的规律性,相关比较紧密的性状往往定位在染色体上相同或邻近的区间内。这提示我们这些QTL之间可能存在一因多效或基因互作。
代小华[10]（2008）在《三种神经系统遗传疾病的分子和细胞遗传学研究》文中研究指明遗传性疾病是人的遗传物质在数量、结构或功能上发生改变,干扰了正常的生命活动而引起的疾病,也是一类能够通过生殖细胞传递给后代的疾病。神经系统的遗传病是所有遗传病中最为重要的一类,是神经系统疾病和医学遗传学的重要组成部分。在众多神经系统遗传病中,癫痫（epilepsy）占有重要位置,其发病率很高,Fahr病的致残率很高,智力障碍（mental retardation,MR）的发病率也很高,它们是重要的神经系统疾病。本论文对上述神经系统遗传病进行分子和细胞遗传研究,以期克隆相关致病基因,同时对克隆的致病基因进行功能研究,揭示上述疾病的发病机制,为治疗这类疾病奠定基础。癫痫是一种常见的慢性脑部疾病,由多种病因引起的慢性脑功能障碍综合征,具有发作性、复发性和自然缓解性的特点。据估计,癫痫患者约占世界人口的0.5-1%,极大危害人类健康。根据遗传方式可将其分为四大类:单基因遗传病、多基因病遗传病、染色体畸变遗传病、线粒体遗传病。该病又呈现出高度临床表现异质性和遗传异质性。家族性基底节脑血管钙化又称Fahr病,是一种神经系统锥体外系遗传病,伴随癫痫、运动障碍和智力、意识障碍等发生,大多数家系表现为常染色体显性遗传方式,也有常染色体隐性遗传和性染色体遗传的报道,具有广泛的遗传异致性。智力障碍,也称精神发育迟缓是指18岁以前发育阶段由于遗传因素、环境因素和社会心理因素等各种原因所引起,临床表现为智力明显低下和社会适应能力缺陷为主要特征的一组疾病。许多染色体病伴随智力障碍的发生。（1）在一个来自中国河南的常染色体显性遗传小儿癫痫家系中,通过连锁分析排除所有已知癫痫致病基因和已知位点,对该家系进行全基因组扫描工作,将该家系的致病基因定位在3号染色体长臂上位于D3S3656和D3S1232标记之间大约10.7Mb的区域（3q26.2—q26.33,所获得的两点最大LOD值是4.13）。这是一个新的癫痫致病基因位点。在定位区段内,共有24个已知基因和24个已知的EST。利用突变体检测技术,我们分析了此区域内的18个可能的候选基因,但是没有发现与疾病相关突变。由于我们定位了一个新的癫痫致病位点,该项目的进一步研究有望克隆新的癫痫致病基因。（2）在河南收集并鉴定了一个5代共31名成员的常染色体显性Fahr病大家系,通过连锁分析排除Fahr病已知致病位点14q13.1-q23.1,对该家系进行全基因组扫描工作,将该家系的致病基因定位在8号染色体上两个标记D8S1809和D8S1833之间大约25.0Mb的区域（8p21.2-q11.23）,与D8S505紧密连锁,最大两点LOD值是4.10。此位点是世界上第二个Fahr病致病遗传位点。对该区域内的一个在大脑中广泛表达的SNTG1基因进行测序分析,未发现突变。由于目前还没克隆到Fahr病的相关致病基因,所以本研究为进一步克隆到世界上第一个新Fahr病致病基因奠定了基础。（3）对来自河南的伴随智力障碍、发育迟缓和手、面部轻微畸形患者进行染色体核型分析,发现是9p部分三体综合征。家系1内的先证者除表现出典型的9p部分三体综合征外,同时患有癫痫。经染色体G-显带分析发现家系1内的先证者核型为46,XY,-21,+der（21）,t（9;21）。其父亲、伯父为46,XY,t（9;21）平衡易位核型,母亲核型正常,可知异常染色体来自父亲。所以家系1的先证者核型为46,XY,-21,+der（21）,t（9;21）pat。而家系2的先证者除表现出典型的9p部分三体综合征外,并伴有皮肤湿疹症状。G显带核型为46,XY,+der（5）,t（5;9）,其母亲为46,XX,t（5;9）平衡易位核型,父亲核型正常,所以家系2的先证者核型为46,XY,+der（5）,t（5;9）mat。进一步的临床调查发现家系1内另有癫痫患者,但G-显带分析发现他们的核型是正常的。而家系2中无其他人有智障及皮肤湿疹症状。利用荧光原位杂交分析进一步证明了核型分析结果。染色体断裂点分析表明,家系1内的9p断裂点位于D9S1846与D9S171之间,大约2.9Mb;而家系2内的9p断裂点位于D9S1870和D9S1679之间,大约2.7Mb。两个先征者的精确核型分别是:46,XY,-21,+der（21）,t（9;21）（p21.3;q22.3）pat,46,XY,+der（5）,t（5;9）（p15.3;p21.3）mat。虽然两个家系内的患者具有相似的9p复制区域24.4/24.7 Mb（9p21.3 to 9pter）,但两个家系患者除都具有典型的9p部分三体综合征外,并伴有独特的临床症状。分析发现9p三体与智力障碍相关,9p21.3→9ter这段区域可能存在与智力发育相关的基因。所有这些分子细胞遗传学研究为阐明神经系统遗传病的病理学,以及提供更好的遗传咨询和最终发展有效疾病治疗策略提供了有益的帮助。
二、微卫星荧光标记基因组扫描（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、微卫星荧光标记基因组扫描（论文提纲范文）
（1）驴微卫星13重PCR体系的构建与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 驴的起源及品种分类 |
| 1.1.1 驴的动物分类学地位与起源 |
| 1.1.2 中国驴的品种分类 |
| 1.2 微卫星的研究进展 |
| 1.2.1 微卫星的起源和发展 |
| 1.2.2 微卫星的特点 |
| 1.2.3 微卫星的局限性 |
| 1.2.4 微卫星的应用 |
| 1.2.5 其他常用DNA分子标记 |
| 1.3 微卫星荧光多重PCR的研究进展 |
| 1.3.1 多重PCR的概述 |
| 1.3.2 微卫星荧光多重PCR的开发与应用 |
| 1.4 基于微卫星驴的遗传分析与亲子鉴定研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验样品的采集 |
| 2.1.2 主要仪器设备 |
| 2.1.3 主要试剂及药品 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 提取基因组DNA |
| 2.2.2 检测基因组DNA |
| 2.2.3 微卫星位点的选择 |
| 2.2.4 微卫星引物的设计 |
| 2.2.5 微卫星13重PCR体系的构建与优化 |
| 2.2.6 标准样品微卫星序列克隆测序 |
| 2.2.7 微卫星位点基因分型的检测 |
| 2.2.8 灵敏度试验 |
| 2.2.9 物种特异性试验 |
| 2.3 数据分析 |
| 2.3.1 DNA聚合酶滑脱产物分析 |
| 2.3.2 驴的遗传多样性分析 |
| 2.3.3 驴的个体识别和亲子鉴定相关数据分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 基因组DNA的提取与筛选 |
| 3.2 微卫星多重PCR引物的设计 |
| 3.3 微卫星多重PCR体系的构建与优化 |
| 3.4 毛细管电泳检测 |
| 3.5 等位基因分型 |
| 3.6 微卫星多重PCR体系的灵敏度 |
| 3.7 微卫星多重PCR体系的物种特异性 |
| 3.8 数据分析 |
| 3.8.1 Stutter分析 |
| 3.8.2 驴的遗传多样性和亲子鉴定数据分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 微卫星多重PCR体系的构建 |
| 4.2 微卫星多重PCR体系的灵敏度 |
| 4.3 微卫星多重PCR体系的物种特异性 |
| 4.4 Stutter分析 |
| 4.5 遗传多样性分析和亲子鉴定分析 |
| 4.6 小结 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 |
| 缩略词表 |
（2）日本鳗鲡（Anguilla japonica）群体遗传结构及本地适应性机制研究初探（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 鳗鲡属鱼类研究进展 |
| 1.1.1 欧洲鳗鲡 |
| 1.1.2 美洲鳗鲡 |
| 1.1.3 日本鳗鲡 |
| 1.2 分子标记发展简述 |
| 1.2.1 等位酶标记 |
| 1.2.2 线粒体DNA |
| 1.2.3 微卫星标记 |
| 1.2.4 单核苷酸位点多态性标记 |
| 1.2.5 酶切位点相关DNA测序 |
| 1.3 研究目的、意义与研究思路 |
| 1.3.1 研究目的与意义 |
| 1.3.2 科学问题 |
| 1.3.3 技术路线 |
| 1.3.4 研究内容 |
| 1.3.5 预期结果 |
| 第二章 基于基因相关的微卫星标记探究日本鳗鲡不同地理群体的遗传结构 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样品采集和DNA提取 |
| 2.2.2 微卫星标记开发和基因分型 |
| 2.2.3 遗传多样性分析 |
| 2.2.4 群体遗传结构和距离隔离模式 |
| 2.2.5 检测受自然选择作用的信号 |
| 2.3 研究结果 |
| 2.3.1 遗传多样性 |
| 2.3.2 群体遗传结构和距离隔离模式 |
| 2.3.3 受自然选择作用的信号 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 日本鳗鲡是随机交配物种 |
| 2.4.2 日本鳗鲡与北大西洋鳗鲡响应选择压力的模式不同 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 基于SNP标记探究日本鳗鲡不同地理群体的适应性分化 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集和DNA提取 |
| 3.2.2 SNP开发 |
| 3.2.3 SNP分型 |
| 3.2.4 群体遗传结构分析 |
| 3.2.5 适应性位点筛选 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 SNP开发和分型 |
| 3.3.2 遗传距离FST值 |
| 3.3.3 群体适应性分化 |
| 3.3.4 受自然选择作用的位点 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 适应性分化 |
| 3.4.2 参与本地适应性的基因 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（3）三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 三角帆蚌基因组DNA酶切 |
| 1.2 筛选富集微卫星文库 |
| 1.3 微卫星序列的分析和引物设计 |
| 1.4 多态性位点初筛及微卫星荧光标记基因组扫描 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星多态性引物的筛选结果 |
| 2.2 微卫星位点的多态性分析 |
| 3 讨论 |
（4）遗传性小脑型共济失调基因诊断平台的建立及新的致病基因的定位与克隆（论文提纲范文）
| 摘要 ABSTRACT 英文缩略词 第一部分 中国汉族人群遗传性共济失调基因诊断平台的建立 |
| 第一章 常染色体显性遗传和散发脊髓小脑型共济失调基因诊断平台的建立 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二章 常染色体隐性共济失调基因诊断平台的建立 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 第二部分 一个常染色体显性遗传SCA家系致病基因的定位与克隆 |
| 第一章 一个新的常染色体显性遗传SCA家系致病基因的定位 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 第二章 应用Exome测序克隆一新的常染色体显性遗传SCA致病基因-TGM6 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 第三部分 应用Exoem测序克隆两个新的常染色体隐性遗传共济失调致病基因—JXX和TYY |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 结论 参考文献 综述 |
| 参考文献 附录 致谢 攻读学位期间主要的研究成果 |
（5）日本蟳（Charybdis japonica）微卫星位点的分离及遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 日本蟳样品的采集和DNA提取 |
| 1.2 日本蟳基因组微卫星富集文库的构建 |
| 1.2.1 日本蟳基因组DNA的酶切与接头连接 |
| 1.2.2 双重PCR和磁珠富集 |
| 1.2.3 克隆测序 |
| 1.3 序列分析与引物设计 |
| 1.4 多态性位点初筛及微卫星荧光标记基因组扫描 |
| 2 结果 |
| 2.1 PCR法筛选日本蟳微卫星阳性克隆 |
| 2.2 阳性克隆的测序结果及引物设计 |
| 2.3 日本蟳多态性微卫星引物的筛选 |
| 2.4 日本蟳微卫星位点的多态性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 日本蟳微卫星位点的筛选 |
| 3.2 日本蟳群体的遗传多样性 |
（6）两种单基因遗传病的致病基因定位及产前诊断（论文提纲范文）
| 一、中文摘要 |
| 二、英文摘要 |
| 三、引言 |
| 四、正文 |
| 第一部分 一个新的视网膜色素变性致病基因位点定位 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 一个脊髓小脑性共济失调家系的分子遗传学分析 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三部分 非损伤性产前诊断初探 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 五、综述 |
| 正文 |
| 参考文献 |
| 六、博士期间发表的文章 |
| 七、后记 |
（7）应用荧光标记多重PCR对散发性结直肠癌进行微卫星不稳定性检测（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 1 引言 |
| 2 主要的仪器设备和试剂 |
| 2.1 仪器设备 |
| 2.2 试剂 |
| 3 多重荧光PCR-毛细管电泳检测微卫星不稳定性方法学建立及优化 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.4 讨论 |
| 4 福尔马林固定结直肠癌组织微卫星不稳定性检测与评价 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 |
（9）猪10号染色体上部分免疫性状QTLs扫描（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 实验步骤 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA提取结果 |
| 3.2 微卫星基因型的检测 |
| 3.3 微卫星群体遗传参数评估 |
| 3.4 微卫星遗传图谱的绘制 |
| 3.5 个体血液生化指标的统计 |
| 3.6 血液生化指标的QTL定位 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于基因组扫描结果 |
| 4.2 关于微卫星分型和数据导出 |
| 4.3 关于遗传图谱的构建 |
| 4.4 关于血液生化指标的测定的结果 |
| 4.5 关于猪10号染色体QTL定位的结果 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）三种神经系统遗传疾病的分子和细胞遗传学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪言 |
| 1.1 神经系统遗传病概述 |
| 1.2 遗传性癫痫 |
| 1.3 Fahr病 |
| 1.4 智力障碍 |
| 1.5 本文主要研究内容 |
| 2 实验原理和研究方法 |
| 2.1 染色体畸变研究方法 |
| 2.2 大规模全基因组扫描和分型的连锁分析 |
| 2.3 测序原理 |
| 2.4 DNA银染分型的技术 |
| 3 一中国小儿癫痫家系新致病基因的定位与克隆 |
| 3.1 实验材料和方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.3 实验讨论 |
| 4 一中国Fahr病家系致病基因的定位 |
| 4.1 实验材料和方法 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.3 实验讨论 |
| 5 两染色体畸变伴发智障家系的细胞和分子遗传学分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.3 实验讨论 |
| 6 全文总结和展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录1 攻读博士学位其间发表的学术论文目录 |
| 附录2 本文所用到的主要缩略语 |
| 附录3 氨基酸缩略语 |
四、微卫星荧光标记基因组扫描（论文参考文献）
- [1]驴微卫星13重PCR体系的构建与应用[D]. 党婉怡. 沈阳农业大学, 2019(02)
- [2]日本鳗鲡（Anguilla japonica）群体遗传结构及本地适应性机制研究初探[D]. 于磊. 中国科学院大学(中国科学院海洋研究所), 2017(07)
- [3]三角帆蚌微卫星位点筛选及多态性分析[J]. 罗明,白志毅,李应森,李家乐. 淡水渔业, 2012(01)
- [4]遗传性小脑型共济失调基因诊断平台的建立及新的致病基因的定位与克隆[D]. 王俊岭. 中南大学, 2011(12)
- [5]日本蟳（Charybdis japonica）微卫星位点的分离及遗传多样性分析[J]. 叶茂,申望,王日昕,郑兆祥,石戈. 海洋与湖沼, 2011(01)
- [6]两种单基因遗传病的致病基因定位及产前诊断[D]. 袁媛. 武汉大学, 2010(09)
- [7]应用荧光标记多重PCR对散发性结直肠癌进行微卫星不稳定性检测[D]. 潘菲. 浙江大学, 2008(11)
- [8]1q31-32存在新的银屑病易感基因[J]. 金丽威,鲁智勇,陈小英,袁文涛,牛振民,郑捷. 中国麻风皮肤病杂志, 2008(08)
- [9]猪10号染色体上部分免疫性状QTLs扫描[D]. 蔡绍倩. 安徽农业大学, 2008(09)
- [10]三种神经系统遗传疾病的分子和细胞遗传学研究[D]. 代小华. 华中科技大学, 2008(05)